一、储存容器
蜂巢蜜中富含有机酸等酸性物质，事实上蜂巢蜜的pH值也介于3～4之间，不能用铜、铁、铝等金属容器储存，否则蜂巢蜜容易因氧化反应而变质，长期储存蜂巢蜜最好用陶瓷容器或玻璃容器，此外干净且无毒的塑料容器也可储存蜂巢蜜。
二、存放环境
蜂巢蜜要存放在阴凉、干燥、通风的环境中，还要严格密封好以避免混入水分和微生物，也不能和大蒜、榴莲等容易串味的食物一起储存，否则可能影响蜂巢蜜的口感，更不能将蜂巢蜜与农药等有毒物质或其他不卫生的东西一起存放。
三、正确取用
蜂巢蜜储存时不要随意打开取用，若必须取用要用干燥且卫生的勺子，有些人将勺子洗干净不擦干就用来取蜂巢蜜，结果往往是蜂巢蜜因混入水分而提前变质，此外蜂巢蜜取用后要及时重新密封好，否则容易吸收空气中的水分而提前变质。
四、注意事项
1、蜂巢蜜呈酸性(pH介于3～4之间)，不建议用铜、铁、铝等金属容器储存，长期储存蜂巢蜜最好是用陶瓷容器或玻璃容器。
2、蜂巢蜜的酸性环境不适合微生物生长，加之蜂巢蜜中富含溶菌酶等天然抗菌物质，若抗菌环境被破坏蜂巢蜜很快就会变质。
3、蜂巢蜜变质后不能再继续食用，原因是微生物代谢蜂巢蜜中糖分的同时会产生大量有毒物质，继续食用极易引起食物中毒。
