一、茎干
芍药和牡丹的茎干不同，其中芍药是多年生草本植物，高1米以内，茎干草质，颜色多呈绿色；而牡丹则是落叶小灌木，高可达2米，茎干木质，颜色多呈棕褐色。
二、叶子
芍药和牡丹的叶子不同，其中芍药的叶片狭长且较薄，前端尖窄，无分裂，颜色多呈亮绿色；而牡丹的叶片宽大且偏厚，前端有分裂，叶色较暗，无光泽感。
三、花朵
芍药和牡丹的花朵不同，其中的花朵顶生或生在腋出分枝顶端，花柄长,多在叶丛之上，花瓣圆润；而牡丹的花顶生，花型大，花柄短,多藏于叶间，花瓣有褶皱感。
四、根部
芍药和牡丹的根部不同，其中芍药的根肥大，因品种不同主根呈柱状或均匀的棍状，颜色呈黄褐或灰紫色；而牡丹的根为肉质根，根系发达，颜色呈浅黄色或灰黄色。
五、花期
芍药和牡丹的花期不同，其中芍药的花期在5月上中旬，而牡丹的花期则在4月中下旬，两者花期相差约15天，故有“谷雨三朝看牡丹，立夏三朝看芍药”的说法。
