一、蜂种不同
岩蜂蜜和普通蜂蜜的酿制蜂种不同，其中岩蜂蜜是岩蜂(黑大蜜蜂)酿制成的，产地极狭窄，仅产于我国西藏南部、云南南部和东部及尼泊尔、不丹、印度东北部等地；普通蜂蜜则是意蜂(意大利蜜蜂)酿制成的，世界各地均有出产。
二、蜜源不同
岩蜂蜜和普通蜂蜜的蜜源构成不同，其中岩蜂蜜的蜜源非常复杂，多以杜鹃科、忍冬科、蔷薇科等植物为主；普通蜂蜜则是意蜂采集大宗蜜源酿制成的，根据主要蜜源不同还可再细分，例如洋槐蜜、椴树蜜、油菜花蜜、荆条蜜等。
三、营养不同
岩蜂蜜和普通蜂蜜的营养组成不同，虽然蜂蜜的主要成分都是葡萄糖和果糖，且尚含丰富的蔗糖、氨基酸、维生素、矿物质及酶类等活性物质，但岩蜂蜜的蜜源构成比普通蜂蜜复杂得多，营养物质的组成也比普通蜂蜜要丰富得多。
四、产量不同
岩蜂蜜和普通蜂蜜的稀缺程度不同，其中岩蜂蜜是极其稀有的蜂蜜，真正的岩蜂蜜是可遇不可求的；普通蜂蜜的产量与岩蜂蜜不能同日而语，气候适宜时一个大流蜜期一个意蜂生产群就能产上百斤蜂蜜，全年总产蜜量可达数百斤。
五、价格不同
岩蜂蜜和普通蜂蜜的市场价格不同，其中岩蜂蜜的价格在200元以上，少数优质岩蜂蜜甚至要500元以上；普通蜂蜜的价格多数在30～60元一斤，原因是岩蜂蜜的营养成分比普通蜂蜜更丰富，加之岩蜂蜜的产量也比普通蜂蜜更稀缺。
