一、科属不同
菠萝和菠萝蜜的科属不同，其中菠萝是植物界、被子植物门、单子叶植物纲、粉状胚乳目、凤梨科、凤梨属多年生草本植物；而菠萝蜜则是植物界、被子植物门、双子叶植物纲、荨麻目、桑科、波罗蜜属常绿乔木。
二、形态不同
菠萝和菠萝蜜的形态不同，其中菠萝是多年生草本植物，茎粗壮、短，叶呈莲座式排列，花序于叶丛中抽出，聚花果肉质；而菠萝蜜则是常绿乔木，树高10～20米，叶革质、螺旋状排列，雌花序生于老茎或短枝上，雄花序有时着生于枝端叶腋或短枝叶腋，花果椭圆形至球形。
三、产地不同
菠萝和菠萝蜜的产地不同，其中菠萝是热带水果，产地主要集中在广东、海南、福建、广西、云南、台湾等地；而菠萝蜜同样也是热带水果，产地主要集中在广东、海南、广西、福建、云南等地。
四、口感不同
菠萝和菠萝蜜的口感不同，其中菠萝的果肉呈金黄色，香味浓郁，口感酸甜多汁，食用前用盐水浸泡半小时后味道更佳；而菠萝蜜的口感脆嫩细腻，味道香甜多汁，咀嚼时除了甜味又有一丝丝的酸味，也不会因甜味有一丝一毫的腻味。
五、营养不同
菠萝和菠萝蜜的营养不同，其中菠萝富含碳水化合物、有机酸、蛋白质、脂肪、维生素、胡萝卜素、膳食纤维及铁、镁、钾、钠、钙、磷等微量元素；而菠萝蜜则富含糖类、蛋白质、脂肪、膳食纤维、维生素及钙、镁、锌、铁、钠、锰等微量元素。
