一、定义不同
土蜂蜜是特指土蜂(中蜂)采集多种蜜源植物酿制成的蜂蜜，而百花蜜是指包含两种或两种以上蜜源且任何一种蜜源都不占优势的蜜种，从定义上来看土蜂蜜实际上应该算是百花蜜中的一种，但为了区别中蜂酿制的百花蜜和意蜂酿制的百花蜜，人们往往用土蜂蜜来特指中蜂采集多种植物花蜜酿制的百花蜜。
二、蜂种不同
土蜂蜜是中蜂(中华蜜蜂)酿制而成的，中蜂是我国本土的蜂种，善于利用零星蜜源，但对大蜜源的采集力不如意蜂，而目前市场上的百花蜜大多数都是意蜂酿制的，意蜂是我国引进的优良蜂种，对大宗蜜源有极强的采集力，另外中蜂的产量不如意蜂，如果中蜂的产量是以十为单位则意蜂就是以百为单位。
三、蜜源不同
土蜂蜜的蜜源种类极为复杂且多变，源于中蜂的采集对象非常广泛并善于利用零星蜜源，也就是说不管是大蜜源还是零星蜜源只要在采集范围内中蜂都会采，而意蜂一般只对成片的大蜜源感兴趣，几乎很少像中蜂那样采集零星蜜源，因此中蜂酿制的土蜂蜜和意蜂酿制的百花蜜在蜜源多寡上有很大的区别。
四、价格不同
土蜂蜜是目前市场上售价最高的蜜种，导致其价格昂贵的原因主要有三个，其一是土蜂蜜比一般蜂蜜更富营养价值，其二是土蜂蜜一般都是中蜂完全酿制成熟的封盖蜜，其三是土蜂蜜产量稀缺导致的物以稀为贵，而意蜂酿制的百花蜜在价格上要便宜得多，甚至可能还比不上某些质量较好且纯正的单花蜜。
总结：土蜂蜜和百花蜜是按不同依据划分的蜜种，其中土蜂蜜特指中蜂酿制的蜂蜜，而百花蜜则是指多种花蜜酿成的混合蜜，严格说来土蜂蜜也是百花蜜的一种，因此两者既有相似性也存在着不同。
